Высший орган Республиканского общественного объединения «Белорусская научно-промышленная ассоциация» (РОО «БНПА») — Конференция, созываемая по мере необходимости, но не реже одного раза в год. В промежутках между Конференциями деятельностью организации руководят Совет, Президиум и Председатель РОО «БНПА».
Текущее руководство осуществляет Председатель РОО «БНПА» Швец Александр Иосифович, как высшее должностное лицо организации, осуществляющий функции и полномочия руководителя юридического лица.
Работа РОО «БНПА» в регионах осуществляется как непосредственно, так и через областные (Минское городское) отделения (с правами юридического лица), а также региональные отделения без прав юрлица.
Уставная деятельность РОО «БНПА», его отделений и иных уставных структур осуществляется преимущественно на общественных (волонтерских) основах, что обусловлено сложным финансовым положением организации с мая 2009г. (в связи с изъятием общественного здания и нерешенностью вопроса по компенсации затрат на его строительство).
При общественном объединении в соответствии с уставом действуют:
Некоммерческие организации, созданные с участием (по инициативе) РОО «БНПА»:
Республиканский союз промышленников и предпринимателей (РСПП),
Союз некоммерческих организаций «Конфедерация промышленников и предпринимателей (нанимателей)» (СНО «КПП(Н)»),
Международный конгресс промышленников и предпринимателей (МКПП) — объединяет 28 национальных союзов и ассоциаций.